I boschi coprono circa i due terzi del territorio del Parco ed offrono uno spettacolo unico che si alterna a quello altrettanto suggestivo degli altipiani carsici con splendide e lunghe fioriture fioriture di innumerevoli varietà botaniche.
Nei boschi tra i 900 e i 1900 metri predominano incontrastate le immense faggete mentre nelle radure e nelle praterie di alta quota crescono la genziana, la soldanella, il crocus, il camedrio alpino, il narciso poetico, il semprevivo italico, il cardo, la scilla bifolia, l’asfodelo, il giglio martagone, la viola, il ranuncolo, il myosotis e numerose specie di orchidee spontanee, alcune delle quali molto rare; sugli altopiani, alla meravigliosa fioritura, si affiancano arbusti come il ginepro, il ribes alpino, il mirtillo e la rosa canina. A quote più basse (500/800 metri) predominano querceti e boschi misti di cerro, roverella, carpino nero e carpino orientale, orniello, nocciolo, acero e castagno. Le zone ripide e assolate tra Cervara, Subiaco e Jenne, sono colonizzate da rigogliose leccete, come quella del Sacro Speco, che vanta esemplari antichissimi e maestosi; qui il sottobosco accoglie il biancospino, il bosso, il pungitopo, la berretta del prete, il garofanino dei certosini, il corbezzolo, il ligustro, il terebinto e il timo. Nei luoghi più umidi si trovano diverse specie di salice, il carpino bianco, il pioppo nero e il sambuco, tra gli arbusti il biancospino e una folta vegetazione ripariale in cui prosperano l’equiseto palustre e l’equiseto dei campi, la rara elleborina palustre, il ranuncolo strisciante, l’anemone stellata e diverse specie di felci e muschi.
Tra tante varietà del mondo vegetale non potevano mancare i funghi, alcuni con forme e colori davvero stravaganti. È importante sapere che molte specie non sono commestibili e che per la raccolta è obbligatorio avere il tesserino di autorizzazione, rilasciato dalle amministrazioni provinciali dopo che si è frequentato di un corso di micologia. Corsi gratuiti di micologia vengono organizzati periodicamente anche dall’Ente Parco.